Вполне достаточно поставить 21-31 фпс, чтобы всё, что угодно анимировалось красиво и гладко. Частота ТВ-развёртки - 24 кадра в секунду, и эта величина взята не с потолка, приблизительно 1/24 секунды нужна глазу чтобы видимое изображение чётко отпечаталось на сетчатке.
Частота развертки монитора выше, но это историческая тенденция борьбы с мерцанием старых мониторов. Частота развёртки ЖК монитора - 60 Гц, думаю, что для поддержания совместимости со старыми форматами.
Отсюда следует, что компьютеры просто не обладают аппаратными средствами, чтобы отобразить мерцание со скоростью 120 раз в секунду, а если бы обладали, то человеческий глаз, скорее всего, видел бы серое пятно.
Упомянутое же тобой "неоднородное мерцание" скорее всего результат неиспользования флэшем разнообразных аппаратных графических ускорителей. Графика изменяется без синхронизации с началом обновления экрана, поэтому (если пользоваться терминами лучевых мониторов) содержимое графики может измениться в тот момент, когда луч отрисовал уже половину этой графики, т.е. в течении одного кадра на экране висит изображение, отрисованное лишь частично.
21-fps оптимальный вариант.
Понятно, что общий fps в какие-то моменты падает (плеер не станет отображать следующий кадр, пока не просчитает/отрисует текущий) - анимация замедляется.